Ein Fluoreszenz-Detektor wird üblicherweise im Single-Channel-Modus betrieben, das heißt, es wird ein Anregungs- /Emissionswellenlängenpaar über die Zeit gemessen. Andere Wellenlängenpaare und Detektionsparameter können jederzeit während der Probentrennung eingestellt werden, um sie an die Besonderheiten der Analyten anzupassen. Diese Anpassung sollte bevorzugt dann erfolgen, wenn kein Peak detektiert wird. Da hier die höchstmöglichen Datenraten und das beste Signal-Rausch-Verhältnis erreicht werden können, verwenden Sie bei sehr schmalen Peaks stets den Single-Channel-Modus.